整形修剪是夺取花椒优质稳产高产的重要措施之一。花椒是喜光植物，发枝力强，容易造成树冠枝叶稠密，内膛光照不良而影响产量。未经修剪的花椒树，幼树分枝少，老龄树枝多而细小，易形成大小年挂果、地衣丛生和枯枝多的现象。适宜的整形修剪有两个时期：一是春季的立春至花椒树芽未萌发前的2月上、中旬；二是秋季收摘花椒果后的9—10月。
（1）幼树的整形修剪：当幼树长至离地面60cm高以上时，及时剪头定干，来年在树干40—45cm处选留3—5个主枝、以后逐年完成树形。花椒树生长快，隐芽萌发力强，整形时，应控制高度，多留侧枝，促树冠增大，以提高幼树的早期投产。
（2）盛椒期的整形修剪：栽培5—6年后的花椒进入盛产结椒期为促其稳产高产，须进行合理的修剪。疏去树形杂乱的大枝，要剪去当年抽生的营养枝尖端半木质化部分。保留中、下部充实芽部分，对隐芽萌发的徒长枝有空间的实行短截，培养成新枝组，无空间的则一律刈除，对保留的主侧枝前端的衰弱枝要回缩到壮枝处，并选留向上和新斜生的枝作带头枝。
（3）老龄树的整形修剪：花椒树龄达15年后，树皮变厚地衣丛生，树势减弱，开始衰老，树冠杂密郁闭，枝条交叉重迭。修剪的目的是改善光照条件，恢复树势。其方法是：疏去一部分重选，交叉和衰弱的大枝，保留4—5个方向和角度较好的健壮大枝；将保留的骨干枝前端的衰弱部分剪去，回缩到强壮枝处；大树干上隐芽萌发的徒长枝生健壮，方向合理的可保留作更新枝条，内膛的徒长枝可回缩作结果枝组，刮去已选留的大枝上的枯皮，清除地衣和枯枝；老龄树的重修剪要与施肥配套进行，效果才显著。经过修剪整形的老树，新生枝第二年可挂果，三年后可恢复原有的树冠，结果量成倍增加。